Podobnie jak w przypadku zastosowania dowolnej technologii, istnieją pewne zalety i wady baterii litowo-jonowych, które należy zrównoważyć z korzyściami.
Na szczęście dzięki nowoczesnej technologii układów scalonych można to stosunkowo łatwo wbudować w akumulator lub w sprzęt, jeśli akumulator nie jest wymienny. Włączenie obwodu zarządzania baterią umożliwia stosowanie baterii litowo-jonowych bez specjalnej wiedzy. Można je pozostawić na ładowaniu, a po pełnym naładowaniu akumulatora ładowarka odetnie dopływ prądu. Obwody ochronne wbudowane w akumulatory litowo-jonowe monitorują szereg aspektów ich działania. Obwód ochronny ogranicza napięcie szczytowe każdego ogniwa podczas ładowania, ponieważ nadmierne napięcie może uszkodzić ogniwa. Zazwyczaj są one ładowane szeregowo, ponieważ zwykle istnieje tylko jedno połączenie dla akumulatora, a zatem ponieważ różne ogniwa mogą wymagać różnych poziomów naładowania, istnieje możliwość, że jedno ogniwo będzie miało napięcie wyższe niż wymagane.
Obwód ochronny zapobiega zbyt niskiemu spadkowi napięcia ogniwa podczas rozładowania.
Ponownie może się to zdarzyć, jeśli jedno ogniwo może przechowywać mniej naładowania niż inne na akumulatorze, a jego ładowanie wyczerpuje się przed innymi. Jedną z głównych wad akumulatorów litowo-jonowych stosowanych w elektronice użytkowej jest to, że akumulatory litowo-jonowe ulegają procesowi starzenia się. Nie zależy to tylko od czasu, ale także od liczby cykli rozładowania i ładowania, które przeszedł akumulator litowy. Często akumulatory będą w stanie wytrzymać około 500 do 1000 cykli rozładowania i ładowania, zanim ich pojemność zacznie spadać. Wraz z rozwojem technologii litowo-jonowej liczba takich cykli rośnie, ale po pewnym czasie baterie mogą jednak wymagać wymiany, a może to być problem, jeśli zostaną osadzone w sprzęcie na stałe. Niestety, baterie litowo-jonowe starzeją się, niezależnie od tego, czy są używane, czy nie, ale wraz z postępem technologicznym są one coraz bardziej wytrzymałe.